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宇宙世紀 0079 年，距離地球最遙遠的宇宙殖民地 SIDE-3 以自護公國之名，向地球聯邦政府發起了獨立戰爭。居住在 SIDE-7 的少年阿寶‧雷，在自護軍一次的偵察任務中，偶然起動了 MS「RX-78-2 高達」，並擊毀兩台 MS「MS-06F 渣古」。之後阿寶和難民們搭上了聯邦軍新開發的宇宙戰艦「白色基地」，一邊躲避自護軍的追擊，一邊繼續著旅程。在紅色彗星-馬沙‧阿茲納布爾的功擊中，許多大人們失去了生命。但只要還活著，阿寶就必須駕駛高達不斷的戰鬥下去......

地球聯邦政府準備在自護公國境內掀起戰火。經驗豐富的駕駛員阿寶·尼爾再度升空，投入這場終極戰役。...

在生死交錯的戰場上，潛在的能力逐漸覺醒... 白色基地的戰鬥依然持續著。 與青色巨星蘭巴‧拉爾的老虎和黑色三連星的大魔等強敵交戰的高達和白色基地。 在聯邦軍的反功作戰「敖德薩」作戰之中，阿寶心中重要的夥伴逐一失去了生命。 在蘭巴‧拉爾的特功、瑪蒂達中尉和保政良賭上生命的戰鬥當中，阿寶看見了什麼？ 在經歷一連串生死交錯的戰鬥之後，阿寶所潛在的能力即將開始覺醒......

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宇宙世紀0087年。住在地球上的人們和住在太空殖民地上的人們之間的爭執至今仍未結束，人們的靈魂也還沒有從地球的重力中解放出來。居住在太空殖民地格林諾亞1號中的少年嘉美尤·維達因為與聯邦軍人因名字而起了爭執被拘禁了起來。因此乘亂奪取了正在內部實驗中的新型機動戰士高達Mk-II，投身於反地球聯邦組織A.E.U.G.。被奪走高達Mk-II的聯邦軍精英組織「泰坦斯」，強行實施了以嘉美尤的父母為人質的卑劣作戰。結果使得嘉美尤眼看着失去了自己的雙親。 加入了AEUG的嘉美尤遇到了古華多羅·巴茲拿上尉，他的...

戰爭混亂加劇。帶領AEUG的古華多羅、企圖將泰坦斯佔為己有的希羅克，以及高舉復興薩比家旗幟的自護軍殘黨阿古捷斯首領哈曼這三股勢力互相牽制。最終使得戰局向着圍繞着宇宙殖民衛星格利普斯2號進發。另一方面，蕾科亞·倫德離開了AEUG，投靠向了泰坦斯的希羅克。而另一邊在仰慕希羅克的同時，也被AEUG的嘉美尤等人所吸引的還有莎拉·撒比亞羅夫。接受了她們的想法，嘉美尤駕駛着Z高達在混亂的戰場上飛行。 故事的總體走向與電視版的大致相同。刪掉了其中的幾集故事內容，相比於在電視劇版中嘉美尤反抗的個性，由於變得率...

諸星當一行人為了在他們的學校友引高中準備校祭而忙碌、並在過程不時打打鬧鬧，而他們的班導温泉老師卻一臉疲累地來到學校。 之後校內的護士櫻花老師前去觀看温泉老師的異樣時，温泉老師表示著他突然發現自己好像一直困在「校祭舉行的前一天」的時空裡。隨後不久諸星當的其他朋友們在晚上回家時，也發現似乎被某種奇異的因素、給拘限在無法離開友引高中一帶範圍的不可思議現象。...

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